Se divide en un Título Preliminar (artículos del 1 al 9) y Tres Libros, el Título Preliminar y el Libro I recogen lo que se denomina la parte general, mientras que los Libros Segundo y Tercero la parte especial (delitos y faltas, respectivamente). L.O. 10/95 – 23 de noviembre:
- Título Preliminar, trata «De las garantías penales y de la aplicación de la ley penal», va del artículo 1 al artículo 9.
- Libro I se refiere a «las disposiciones generales sobre los delitos y las faltas, las personas responsables, las penas y medidas de seguridad y demás consecuencias de la infracción penal». Abarca de los artículos 10 al 137.
- Libro II son los Delitos y sus penas y comprende los artículos 138 al 616.
- Libro III son las Faltas y sus penas y va desde el artículo 617 al 639.
- Tres disposiciones Adicionales.
- Doce disposiciones Transitorias (En la actualidad 11, ya que la Disposición Transitoria 12ª fue derogada por la Ley Orgánica 5/2000, en su Disposición Final 5ª).
- Una disposición Derogatoria.
- Siete disposiciones Finales.
El Código de 1995 tiene una parte general bien elaborada, en la que se da una definición legal del delito, con referencia al dolo y a la imprudencia. Se adscribe al principio de legalidad en su cuádruple vertiente: criminal, penal, procesal y penitenciaria. Sigue el sistema de punición de la imprudencia sólo en los casos específicamente previstos, rompiendo con el sistema del Código anterior que utilizaba una fórmula abierta y general; contiene una fórmula para determinar los supuestos en que es posible la punición de los delitos de resultado cometidos por omisión (comisión por omisión), que ha merecido críticas doctrinales, por su defectuosa redacción y por la configuración formal que hace de la posición de garante, superada hace años por la doctrina, en favor de una concepción material. Se regula «el error» y sus consecuencias, tanto sobre los supuestos de hecho del «tipo» penal o sus circunstancias de agravación, como sobre la existencia de la norma.
Se cambia sustancialmente el sistema de penas, que ahora sólo se distinguen cualitativamente, hay penas nuevas como el «arresto de fin de semana», sustituido en la reforma llevada a cabo por la Ley Orgánica 15/2003 por la pena de «localización permanente»; para la pena de «multa» se adopta el sistema de días multa, previéndose una cantidad variable, según los recursos económicos del sujeto, aunque también se prevé la multa proporcional, en atención al valor del daño causado o beneficio obtenido por el sujeto.
La estructura del Libro II sigue en parte el orden de relevancia que se da a cada bien jurídico que es objeto de protección, comenzando por la tipificación de los delitos contra la vida, luego contra la integridad física y psíquica, la libertad, la libertad e indemnidad sexual, la intimidad e inviolabilidad del domicilio, el honor, las relaciones familiares, el patrimonio y el orden socioeconómico, las relaciones laborales, la ordenación del territorio, el patrimonio histórico, los recursos naturales, la seguridad colectiva y la salud pública, la fiabilidad de la moneda y el tráfico documentario, la administración pública, la administración de justicia, el ordenamiento constitucional y las instituciones del Estado, su defensa y seguridad; terminando con los delitos de genocidio, negacionismo y lesa humanidad, y contra la comunidad internacional. Se regulan delitos nuevos como el de manipulación genética, delitos societarios o delitos contra la ordenación del territorio y el patrimonio histórico, o el delito de encubrimiento, que deja de ser una forma de participación.
Suprimiéndose otros delitos como el de cheque en descubierto. Integra también esta parte figuras delictivas que se hallaban dispersas en leyes penales especiales, como la mendicidad de menores, caza y pesca furtivas, contra la seguridad nuclear, aunque no los delitos contra la navegación aérea, que siguen regulados en una ley especial (Ley 209/1964, de 24 de diciembre, Penal y Procesal de la Navegación Aérea).
En cuanto a las faltas (Libro III), se castigan contravenciones (infracciones leves) contra la integridad corporal, los deberes de asistencia a menores, incapacitados o personas desvalidas, imprudencias, contra la dignidad personal, el patrimonio, intereses generales de la comunidad y contra el orden público. Del Código anterior se mantiene la vigencia del artículo 417 Bis, que había introducido la Ley Orgánica 9/1985, sobre indicaciones en las que se excepciona el castigo del delito de aborto.